薛禹群专长于地下水研究，建立了三维热量运移模型和海水入侵潜水含水层的数值模型，克服了降雨入渗和潜水面波动对入侵水质的影响两个难题，在国际上被评价为发展了潜水含水层条件下的海水入侵模型。
她主要致力于跨膜运输蛋白的结构与机理研究，在国际上首次揭示人源葡萄糖转运蛋白、真核生物电压门控钠离子通道和钙离子通道等一系列具有重要生理与病理意义跨膜蛋白的原子分辨率结构，为理解相关疾病的致病机理及药物开发提供了分子基础。
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